棉花是常異花授粉作物，生物混雜和機械混雜是造成品種純度降低的主要原因，為保證種子純度和提高產量、改善品質，要求在一個生態區內，實現原種二代更新，因此，應將良繁區生產的種子棉單收單軋，一般將毛子輕脫二道絨后，種子含水在12%以下時單獨存放。長期貯藏的種子，不宜先用硫酸脫絨，也不宜用種衣劑包衣后貯存，以防貯藏期間大幅度降低發芽率。貯藏期間影響種子含水高低的因素是空氣濕度。當種子量不大，空氣相對濕度低于50%時，棉籽含水量明顯減少；相對濕度50～70%時，含水穩定；當濕度高于70%時，種子含水明顯增加。西北內陸棉區和黃河流域棉區，在冬春季貯藏期間，降水不多，相對濕度大多在65%以下，小量棉種可裝在布袋或麻袋內囤存或堆存，要防止地面返潮，大量集中貯存時，亦可在露天苫蓋防潮。長江流域棉區春季雨水多，相對濕度在70～80%，故應進行庫藏。種子庫應有通風防濕條件，注意通風降濕和翻堆降濕。
